A Microbiologia ainda é inserida na educação básica através de uma abordagem reducionista que carece de enfoque holístico, o que impacta diretamente sobre a formação de habilidades e competências preconizadas pelos documentos curriculares. Por se tratar de organismos invisíveis a olho nu, a Microbiologia torna-se uma disciplina muito abstrata, meramente teórica e com pouca experimentação, uma vez que muitas escolas não apresentam equipamentos para a realização de aulas práticas de Ciências e Biologia (microscópios, lupas, vidrarias, reagentes). A experimentação é capaz de permitir maior envolvimento dos estudantes com a ciência, desenvolvendo habilidades cognitivas, como resolução de situações problemáticas, testagem de hipóteses, argumentação, discussão com os pares e compreensão dos conteúdos curriculares. Por outro lado, a interface colaborativa entre escola-universidade, possui enorme potencial de atenuação de deficiências técnicas e estruturais. Neste estudo, trabalhamos o tema "Microrganismos no dia-a-dia, higiene e saúde na escola” em três momentos: (1) na escola, onde foi realizada uma palestra inicial sobre microrganismos, e observação em microscópio caseiro de laser montado na sala de aula; (2) Coleta de material em diferentes superfícies e armazenamento para cultivo e identificação de microrganismos; (3) Visita a Faculdade de Odontologia da UFRGS com observação das placas com colônias de microrganismos coletados na escola. A partir dessa experiência didática, foi possível identificar que muitos dos estudantes tiveram o primeiro contato visual com os microorganismos, e como a experimentação desenvolvida na integração educação básica e universidade pode ser uma alternativa salutar para o aprendizado de microbiologia na educação básica.