O presente investiga as práticas pedagógicas propostas e desenvolvidas pelos participantes do Programa Residência Pedagógica (PRP) do Subprojeto Residência Pedagógica Biologia, Física e Química (2020-2022) de uma Instituição de Ensino Superior Pública do Sul do Brasil, a fim de identificar os obstáculos epistemológicos presentes no Ensino de Ciências. Assim, partimos de uma abordagem qualitativa e selecionamos o corpus de pesquisa a partir dos relatos de experiência publicados na edição de 2021 do XVII Encontro sobre Investigação na Escola: Experiências, diálogos e (re)escritas em rede. A análise se deu pela análise de conteúdo e com isso identificamos alguns obstáculos epistemológicos, como por exemplo, a experiência primeira, o animismo, o realismo e o conhecimento unitário e pragmático. A partir da pesquisa evidenciamos o papel do professor nos processos de ensino e de aprendizagem e o papel da Ciência e da Escola na construção do pensamento científico.