Por causa da pandemia e consequente adoção do Ensino Remoto Emergencial (ERE), as práticas de Educação Sexual (ES) desenvolvidas por professores de Ciências e Biologia foram prejudicadas ou mesmo impossibilitadas. Neste sentido, o presente estudo investigou como o ERE influenciou as metodologias de ensino dos professores participantes da pesquisa para o trabalho com o tema ES e, em comparação ao ensino presencial, se a participação dos alunos também foi modificada. O estudo é de abordagem qualitativa e o referencial analítico adotado foi a Análise Textual Discursiva (ATD). Dos professores entrevistados, todos indicaram trabalhar a temática como é inserida nos componentes curriculares determinados na Base Nacional Comum Curricular (BNCC). O ERE influenciou negativamente a aplicação da ES, pois inibiu a participação dos alunos no momento mais crítico da pandemia da Covid-19 e influenciou consideravelmente o modelo de aula, passando de interativa e dinâmica para informativa, diferente do encontrado no ensino presencial.