O Ensino de Ciências por Investigação é uma abordagem que busca introduzir alunos no universo das práticas científicas, trazendo debates e reflexões acerca do fazer ciência. A presente pesquisa visa investigar de que forma a semiótica do filósofo Charles Sanders Peirce pode auxiliar na compreensão do processo de aprendizado dos alunos durante aulas orientadas por essa abordagem. Para isso, coletamos dados de áudio, vídeo, questionário e entrevista individual aplicados no primeiro semestre de 2022. A análise de dados é de caráter qualitativo e possui como método a análise de conteúdo das comunicações de Laurence Bardin, método que abrange um conjunto de técnicas que, por meio de procedimentos sistemáticos colabora com a interpretação dos dados obtidos. Para organização dos dados utilizou-se as categorias pré-estabelecidas por Peirce para caracterização dos signos presentes durante a comunicação. A etapa de análise de dados está em curso, sendo apresentado neste trabalho uma análise inicial.