Nos últimos anos, diversas investigações no campo da educação tem se debruçado sobre as violações de direitos humanos contra lésbicas, gays, bissexuais, travestis e transexuais (LGBT) nos ambientes escolares. Alguns caminhos tem sido apontados como possibilidades de superação desse problema. Pesquisadores/as se utilizando de diferentes assentamentos teóricos e metodológicos problematizam práticas de educação que emancipem os/as sujeitos/as LGBT. Edgar Morin, na sua obra Introdução ao Pensamento Complexo ao problematizar a patologia do saber, apontou diversas limitações da ciência modera que tem influenciado a forma de organização escolar através da divisão do conhecimento em disciplinas (disjunção), a máxima especialização do conhecimento (redução) e a impossibilidade de associação entre o conhecimento aprendido no espaço escolar com a realidade (abstração). Por sua vez, Paulo Freire, apontando, reconhecendo e criticando os limites da educação formal tradicional e bancária aponta a Educação Popular como alternativa. Freire, elaborou uma verdadeira filosofia da educação com pretensões libertadoras. O principal interesse da educação popular são os excluídos e oprimidos, ou seja, é uma educação a partir dos interesses classe oprimida que busca a emancipação dos/as sujeitos. Nessa direção, esse trabalho tem por objetivo fazer uma reflexão a respeito da educação como prática emancipatória da população LGBT a partir da Educação Popular e do Pensamento Complexo. Os resultados obtidos a partir da pesquisa bibliográfica apontam que para a população LGBT esse casamento entre educação popular e pensamento complexo pode possibilitar práticas educativas emancipatórias, no lugar de práticas discriminatórias e violentas