O ensino de ciências e biologia, nos dias atuais, demanda ao professor estratégias didáticas diferenciadas que despertem no aluno o desejo de aprender, tornando-o protagonista do seu processo de aprendizagem. Em um cenário de pandemia, causada pela COVID-19, a utilização das ferramentas digitais tornou-se mais presente na vida escolar de professores e alunos, com adoção do ensino remoto de caráter emergencial. Dessa forma, o presente trabalho teve por objetivo identificar as ferramentas digitais utilizadas no processo de ensino-aprendizagem de ciências e biologia no contexto de pandemia causada pela COVID-19, adotando como estratégia metodológica uma revisão sistemática de literatura. Os artigos foram obtidos em três bases de dados: Portal Periódico Capes, Scopus e Google Acadêmico, utilizando-se como descritores de pesquisa: (ensino de biologia) OU (ensino de ciências) E (ferramentas digitais) E (pandemia) OU (COVID-19). Foram incluídos os artigos publicados em revistas com no mínimo Qualis B2; publicados em português, inglês e espanhol; aqueles que pudessem fornecer resultados tendo em vista os objetivos a serem alcançados; e os publicados entre 2020 e 2021. Após aplicação dos critérios de aceitação, foram selecionados dez trabalhos que permitiram avaliar as oportunidades e desafios do uso das ferramentas digitais no ensino e aprendizagem de ciências e biologia e as principais ferramentas digitais utilizadas. Foram citados inúmeros recursos digitais, que facilitaram e permitiram o processo de ensino-aprendizagem, como: Whatsapp, Google Forms, Canva, Kahoot, Google Classroom, Google Meet, Youtube, dentre outros. Ademais, os professores citaram algumas dificuldades para ministrar as aulas, e os alunos, dificuldades no acesso e no aprendizado dos conteúdos. Apesar disso, alguns professores mencionaram estar mais habilitados para trabalhar com as ferramentas digitais após o período pandêmico, e pretendem inserir o uso de tecnologias nas aulas de ciências e biologia.