A iniciação científica (IC) na Educação Básica, também chamada de Iniciação Científica Júnior (IC-Jr) constitui uma modalidade de pesquisa que visa despertar e encorajar talentos para o mundo científico. A IC-Jr oportuniza estudantes do ensino fundamental e médio a vivenciarem atividades científico-tecnológicas comuns no ensino superior. No entanto, diversas são as dificuldades que os professores possuem para instaurar em seus espaços de trabalho a IC-Jr e orientar os seus estudantes, perpassando desde falta de apoio, carga horária e até mesmo formação adequada para orientação dos projetos. Aquelas escolas que assim implementam, socializam seus trabalhos em feiras de ciências e mostras científicas que têm ganhado bastante espaço no Brasil. Refletir sobre as principais dificuldades e sobre os principais produtos da iniciação científica na educação básica se faz importante para detectarmos os pontos que necessitam de mais atenção para o seu avanço. Do mesmo modo, socializar os percalços também é pertinente para indicar caminhos difíceis na orientação de projetos no ensino médio. Diante do exposto, o presente trabalho objetivou descrever as experiências de dois anos de orientação de iniciação científica júnior numa escola pública de Fortaleza, Ceará, nos anos de 2022 e 2023. O presente estudo tem caráter qualitativo e descritivo, caracterizado por ser um relato de experiência que se propõe a indicar caminhos a serem percorridos (ou não) por outros professores que almejam implementar e orientar projetos de IC-Jr em suas escolas. Aqui são relatados os principais desafios no processo de orientação, as impressões e reflexões sobre a participação nas feiras de ciências e sobre o impacto na formação dos alunos-pesquisadores. Busca-se evidenciar os principais resultados positivos na alfabetização científica desses estudantes de ensino médio.