Este trabalho é um recorte da pesquisa realizada na Iniciação Científica do IFPE durante o período de 2015 a 2016, abordando as relações entre argumentação no discurso científico nas aulas de química e suas intersecções com o processo de alfabetização científica. Teve por objetivo delinear a argumentação no discurso científico produzido nas aulas de química do Ensino Médio, atentando para o posicionamento dos estudantes e professor em sala de aula. Este estudo apresentado, configura uma fase da pesquisa realizada com duas turmas do 2º ano do Ensino Médio, sendo uma do IFPE/ Campus Vitória de Santo Antão e outra de uma Escola de Referência do mesmo município, a partir das observações e registros das aulas de química através da construção dos Diários de Campo a fim de subsidiar nossa investigação. Fundamentamos análise mediante a atuação do professor nas interações discursivas buscando identificar e classificar a argumentação desenvolvida nas aulas e reconhecer os indicadores de alfabetização científica envolvidos no estabeleciemnto do discurso científico desenvolvido nas aulas. Os resultados indicam que a utilização de estratégias didáticas que estimulem o raciocínio e estruturem o discurso numa perspectiva reflexiva, possibilitam o trabalho com a argumentação como elemento sistematizador das ideias, contribuindo substancialmente para formação de um cidadão cientificamente alfabetizado, entretanto, esta perspectiva não ocupa lugar privilegiado na prática argumentativa de sala de aula de química, pois incipientemente observamos poucas tentativas de estímulo a este processo. É preciso possibilitar ao aluno, além do entendimento de fatos e conceitos, adentrar-se na cultura científica, se apropriando das suas especificidades.