O Programa Ensino Médio Inovador ProEMI tem como propósito induzir o redesenho dos currículos do Ensino Médio, e a diversidade de práticas didático-pedagógicas, atendendo as necessidades e expectativas dos alunos e professores do Ensino Médio. O presente trabalho tem por objetivo analisar a importância do ProEMI como lócus da pesquisa interdisciplinar para o processo de ensino-aprendizagem dos discentes numa escola pública no Ensino Médio. Para tanto, tem-se como procedimento metodológico a utilização da pesquisa bibliográfica e a contribuição dos seguintes a fim de nos auxiliar no processo da escrita, tendo algumas obras de autores como: Lima (2013), Bonato et al (2012), Pereira; Gutemberg (2014), Miranda (2007), MEC (2013), dentre outros que discutem a importância do Pro-EMI no Ensino Médio e como também a relevância do PIBID interdisciplinar para projetos escolares. Além do mais, foi feito a aplicação de questionários com perguntas abertas e fechadas com 6 alunos da turma do 2º ano que participaram do projeto o semestre passado, para saber na opinião deles a importância e significado desse projeto da pesquisa in lócus e ação para o processo de ensino-aprendizagem, tendo como eixo temático inseri-los numa perspectiva interdisciplinar. Conclui-se que o Programa Ensino Médio Inovador (ProEMI) é considerado como um programa que visa o trabalho interdisciplinar como um projeto científico de suma importância para o aprendizado do educando em sala de aula a fim de auxiliar o aluno e professor no conhecimento didático-interdisciplinar.