A escolha das estratégias de ensino que mais se adeque as expectativas de aprendizagem dos alunos depende de um leque de fatores, dentre eles: as características cognitivas do grupo, o tipo de conteúdo conceitual estudado, o tempo disponível para a realização das atividades, o tamanho da turma, a disponibilidade de recursos didáticos específicos – especialmente para a inclusão de alunos com deficiência, os objetivos a serem alcançados com o planejamento proposto e a disponibilidade do professor em superar os entraves diante da inovação didática. Este estudo, de natureza qualitativa, descritiva e exploratória, teve como objetivo geral averiguar as percepções de estagiários do curso de Licenciatura em Biologia e bolsistas do Programa de Bolsa de Iniciação à Docência (PIBID), da Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB), sobre os desafios e dificuldades enfrentados por eles durante o planejamento da ação didática, especificamente quanto a seleção de recursos didáticos e estratégias metodológicas, para as aulas de regência e intervenções do PIBID, nas escolas campo, do município de Cruz das Almas-BA e seu entorno. Como instrumento de coleta de dados foi elaborado um questionário semiaberto e registro das observações colhidas em um Diário de Campo. A análise dos dados obtidos revelou que, tanto estagiários quanto bolsistas do PIBID, encontraram dificuldades para ensinar Ciências, devido à falta de materiais e recursos didáticos disponíveis na escola, bem como, entraves na mudança de postura do professor regente sobre qual procedimento deva ser adotado, para não somente elaborar atividades instigantes e desafiadoras, como também mediá-las, dentro do contexto proposto. Foi possível observar também que os informantes atribuíram grande importância aos recursos didáticos no planejamento da ação pedagógica, nomeadamente quanto à seleção, à adequação a cada conteúdo ministrado e à disponibilidade dos mesmos, dentro do âmbito da escola, pois este contexto se refletiu na qualidade das aulas planejadas.