A integração do Atendimento Educacional Especializado (AEE) em escolas de ensino integral apresenta um desafio significativo, pois estudantes que frequentam este regime podem enfrentar dificuldades em participar do AEE devido à necessidade de sair das aulas regulares para receber suporte especializado. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar com base na literatura atual os desafios enfrentados pelos professores e estudantes durante o AEE em escolas de tempo integral, bem como a funcionalidade do serviço. O trabalho consistiu em uma pesquisa qualitativa do tipo bibliográfica. Identificou-se que os estudantes matriculados nesse regime enfrentam desafios consideráveis ao acessar o AEE, devido à necessidade de sair das aulas regulares. Isso acarreta em interrupção do fluxo educacional, perda de conteúdo curricular e, em alguns casos, um estigma associado à separação da turma. Os professores também enfrentam dificuldades durante o processo, lidando com questões logísticas e adaptando suas práticas pedagógicas para acomodar as necessidades individuais dos escolares. Apesar desses desafios, a pesquisa destaca a importância funcional do AEE, fornecendo suporte especializado essencial para os estudantes público da educação especial. É essencial repensar estratégias para integrar efetivamente o AEE na rotina escolar integral, garantindo acesso equitativo e minimizando impactos negativos na aprendizagem dos estudantes. Este estudo contribui para uma compreensão mais profunda dos obstáculos enfrentados pela integração do AEE em escolas de tempo integral, destacando a necessidade de abordagens inovadoras e práticas recomendadas para garantir a inclusão efetiva de todos os estudantes no ambiente educacional.