São muitos os desafios enfrentados pelo professor do Atendimento Educacional Especializado-AEE para desenvolver sua prática em uma unidade de ensino da educação pública municipal, tendo em vista a existência de diferentes opiniões quando se pensa esse trabalho como uma prática docente significativa, no sentido de favorecer o ensino-aprendizagem dos estudantes com deficiência. Assim este trabalho, objetiva principalmente, analisar as principais dificuldades encontradas pelo professor do AEE para desenvolver sua prática docente. A metodologia utilizada foi uma pesquisa qualitativa, utilizando-se para análise uma entrevista com professores do AEE. Os resultados apontam entre outras dificuldades a falta de compreensão em relação a prática docente no AEE pelos sujeitos da escola, principalmente pelos professores do ensino regular, tendo em vista que a prática docente no AEE não se encaixa no modelo culturalmente constituído pelo professor, que compreende a transmissão de conteúdos como um dos pontos principais do ensino, prática essa que promove a exclusão dos estudantes com deficiência. Mesmo considerando que essa prática vem se modificando ao longo do tempo, percebe-se que ainda se apresenta em muitas escolas. No AEE, a prática docente se constitui como elemento extremamente importante, pois é voltada para atender as singularidades de cada estudante. E mesmo sendo um atendimento das necessidades individuais, o AEE se organiza segundo normas coletivas e nesse sentido, é primordial o envolvimento dos sujeitos da escola para que alcance seus objetivos. Contudo, em muitas escolas, a prática docente no AEE se dá de forma solitária, incompreendida por grande parte dos sujeitos e principalmente pelos professores do ensino regular das escolas públicas, que entendem essa prática como um atendimento auxiliar, não como uma docência que necessita ser compartilhada.