Uma das problemáticas globais que acometem as populações com grande vulnerabilidade social são as chamadas doenças negligenciadas. Estas são aquelas em que há um déficit de políticas públicas e incentivos para sua pesquisa, assim como em mecanismos para prevenção e tratamento, sendo recorrentes em países em desenvolvimento e regiões de extrema pobreza. O trabalho analisou as contribuições de uma sequência didática fundamentada nos Três Momentos Pedagógicos (TMP) e as suas implicações do processo de ensino e aprendizagem com estudantes do Ensino Fundamental I, sobre a relação “saúde e ambiente”, através da abordagem temática das doenças negligenciadas. A pesquisa enquanto abordagem se caracteriza como qualitativa, com procedimentos direcionados a Observação Participante (OP), e foi realizada em uma escola pública na Cidade de Pau dos Ferros/RN. As atividades foram divididas em momentos de problematização e relação entre saúde e o meio ambiente (1º MP), a verificação dos problemas no entorno da escola, bem como o estudo de formas de prevenção e sintomas (2º MP), e a culminância com a produção de panfletos e de apresentação dos aprendizados para a comunidade escolar (3º MP). Os resultados demonstraram como a aplicação da metodologia dos TMP pode facilitar o processo de construção do conhecimento dos alunos de uma forma mais significativa e ativa. Apesar da abordagem temática das doenças negligenciadas ser uma estratégia importante para promover a educação em saúde e a consciência ambiental na educação básica, houveram dificuldades na verificação da aprendizagem por parte dos estudantes, mesmo com a aplicação de métodos ativos.