A Educação Escolar Diferenciada é legalmente garantida nos Artigos 32, 78 e 79 da Lei de Diretrizes e Bases da Educação – LDB 9394/96 aos povos originários, no entanto, as políticas públicas implementadas pelos sistemas de ensino não garantem acesso e permanência dos estudantes nas escolas Yanomami de Santa Isabel do Rio Negro e Barcelos, no Amazonas, e um dos motivos é a carência de professores com formação apropriada. Este trabalho tem como objetivo apresentar como se deu o processo de implantação e implementação do Curso de Magistério Intercultural Yanomami no Município de Santa Isabel do Rio Negro – AM, realizado pela Secoya – Serviço e Cooperação com o Povo Yanomami em parceria com a SEDUC/AM - Secretaria de Estado de Educação e Desporto. É uma pesquisa de campo, de abordagem qualitativa e descritiva que versa sobre este curso de Formação Inicial, que teve como público-alvo 51 professores do povo Yanomami do Rio Marauiá no período de 2022. As reflexões sobre a temática partem das contribuições de autores como Grupioni (2000), Betiol (2020) e Weigel (2000). Os desafios encontrados, as fragilidades e possibilidades de solução considerando eixos temáticos como sustentabilidade, territorialidade, interculturalidade e suas especificidades (enquanto autonomia; bilinguismo) na construção da identidade do povo Yanomami consubstanciaram reflexões acerca da formação de professores indígenas e o modelo do curso constante no Projeto Pedagógico. Os principais resultados encontrados foram o entendimento por parte dos cursistas sobre o direito da educação diferenciada e a contribuição da escola no Xapono para a autonomia do Povo Yanomami, que resulte na manutenção e proteção da sua cultura, da sua língua materna e em seu território.