A pesquisa descrita neste trabalho é de abordagem qualitativa e do tipo estudo de caso, visa compreender as percepções de treze professores de Ciências e Matemática, ingressantes do Programa de Pós-Graduação, numa Universidade Comunitária do Rio Grande do Sul, acerca da relação entre os métodos de ensino e a prática docente. Um questionário aberto foi respondido por esses professores, cujas respostas foram analisadas à luz da Análise Textual Discursiva. Emergiram três categorias que refletem as percepções dos professores na forma como o método de ensino influencia na prática docente, quais dificuldades encontradas e de que modo propõem solucioná-las. Como principais resultados, destacam-se a importância de reconhecer que os métodos de ensino podem ajudar a desenvolver meios para uma efetiva aprendizagem, buscando base para solidificar essa premissa, que difere do ensino tradicional. Considera-se uma triangulação significativa envolvendo tempo, espaço e apoio da comunidade escolar, sendo decisivos para novas estratégias de ensino.