Os microrganismos apresentam relação estreita com a saúde humana. Desta forma, configuram-se como importantes de serem investigados por pesquisadores da área da Educação em Saúde. O objetivo deste trabalho bibliográfico residiu em mapear os trabalhos publicados nas Atas, das últimas edições do ENPEC (2013-2021), na linha temática Educação em Saúde, os quais dialogavam com os microrganismos. Foram realizadas três triagens nos trabalhos publicados, na linha temática, no período recortado, obtendo-se dez (10) trabalhos que apresentavam relação com os microrganismos. Os trabalhos selecionados foram analisados pela Análise de Conteúdo e organizados em três (3) categorias emergentes: Abordagem do tema microrganismos em livros didáticos e Formação docente; Percepções de temáticas referentes a microrganismos e saúde; Estratégias didáticas para o trabalho de temáticas referentes a microrganismos e saúde. Observamos que os microrganismos estão presentes nos trabalhos, no entanto, são alocados somente como patógenos, de forma negativa, necessitando de outras abordagens e enfoques.