Este artigo apresenta uma discussão acerca dos desafios enfrentados sob as relações étnico-raciais no ambiente escolar, especificamente no ensino de Biologia, com foco na formação e prática docente. Desse modo, partimos da seguinte problematização: Que/quais evidências sinalizam como desafiadoras no trato a formação inicial e/ou continuada dos(as) professores(as) desta disciplina, sob a construção de estratégias educativas que visem trabalhar acerca da diversidade étnico-racial no Ensino Médio? Para responder a nossa pergunta de pesquisa destacamos como objetivo geral: refletir acerca dos desafios enfrentados pelos(as) professores(as) de Biologia em sua formação inicial e continuada para trabalhar as diferenças étnico-raciais no Ensino Médio. No que diz respeito aos objetivos específicos, elencamos os seguintes: discutir que elementos colaboram para visibilizar o estudo étnico-racial na formação de professores de Biologia e identificar avanços/desafios para implementação da referida temática nesse nível de ensino. Para tanto, realizamos leituras e reflexões com base em autores como Laraia (2001), Meneses (1999), Rocha (1994), Silva (2005), Tardif (2002), dentre outros. No que tange a metodologia trata-se de uma abordagem qualitativa com delineamento bibliográfico. Dentre os resultados apresentados, destacamos o desafio em criar espaços de diálogo nas escolas, além de, compreender a necessidade premente de formação nessa área, rompendo assim, com atitudes racistas e discriminatórias, superando o etnocentrismo/eurocentrismo rumo a uma educação emancipatória cidadã, sobretudo nas relações étnico-raciais, cujas práticas promovam respeito às diferenças.