O presente trabalho resulta de uma experiência sobre as dificuldades de aprendizagem dos alunos na disciplina Biologia, numa escola pública de nível médio, do município Parnaíba– PI, partindo da reflexão a partir de substratos teóricos e pesquisas na escola. Com a complexidade de problemas existentes no ensino de biologia, procuramos reconhecer os desafios que os educandos encontram no ensino, que impedem assim, que tenham uma aprendizagem de boa qualidade. Nesse trabalho utilizamos estratégias metodológicas observacionais e análise qualitativa. Para este trabalho foi feito um levantamento bibliográfico sobre as transformações ocorridas no ensino de Ciências embasadas a partir de uma reflexão da proposta dos Parâmetros Curriculares Nacionais (PCN). Foram realizadas observações diretas do cotidiano escolar vivenciadas por alunos de ensino médio, bem como entrevistas com os mesmos. Para a entrevista foi selecionada uma amostragem de 20 alunos de uma escola pública estadual da cidade Parnaíba, Piauí. Através da análise das entrevistas, podemos observar os paradigmas apresentados no contexto da Biologia. Vimos que, há um conjunto de fatores que não permitem uma relação agradável dos conteúdos para os educandos e assim gerando aulas “chatas” pela presença de nomenclaturas, falta de aulas práticas em laboratório e até mesmo o emprego de uma didática inadequada usada pelo professor. Acredita-se que o professor deva desempenhar e trabalhar em cima das dificuldades observadas nos alunos, na tentativa de buscar inovações no pensar objetivo e crítico, por meio de estímulos. Concluímos que os obstáculos existentes no ensino de Biologia têm prejudicado muito a aprendizagem dos alunos. Porém, não se pode unicamente responsabilizá-los por essa situação, pois o professor e o contexto escolar, em geral, têm muita influência no processo de ensino aprendizagem. O fato de os alunos estarem desmotivados nas aulas de biologia é reflexo, não só do meio externo à escola, mas resulta, também, da organização política e administrativa da escola e principalmente dos tipos de metodologias de ensino que o professor aborda em suas aulas.