Descargas de esgotos industriais, domésticos sem tratamento e a utilização extensa de fertilizantes na agricultura, vêm contaminando rios, lagos e mananciais de abastecimento público, provocando o aumento de nutrientes fosfatados e nitrogenados, causando a eutrofização artificial, que tem como principal consequência, as florações de cianobactérias. Vários gêneros de cianobactérias são produtores toxinas, chamadas cianotoxinas, que podem causar danos tanto a biota aquática como à saúde humana. As cianotoxinas podem ser divididas em três grupos: as neurotoxinas, as hepatotoxinas e as dermatotoxinas. Objetivou-se neste trabalho realizar uma revisão bibliográfica sobre a temática cianobactérias e cianotoxinas, destacando os principais aspectos relacionados às temáticas, no intuito de gerar informações que possam dinamizar ações de mitigação dos efeitos negativos desses microrganismos em ecossistemas aquáticos. As cianobactérias tem apresentado dominância nos ambientes aquáticos e tendem a persistirem, tornando-se um problema preocupante, em virtude de vários gêneros serem capazes de formar florações e produzirem toxinas que podem afetar tanto a biota aquática como seres humanos.