O Estágio de Docência é entendido como dispositivo formativo para a docência na Educação Superior. Durante este momento, os pós-graduandos vivenciam dificuldades que podem evidenciar fragilidades no processo formativo. Assim, identificar e compreender estas dificuldades possibilita a elaboração de estratégias para que os programas possam promover formações que atendem as demandas dos pós-graduandos. Assim, o objetivo do estudo foi analisar as dificuldades encontradas por pós-graduandos de Programas de Pós-graduação na área da Educação Física, da região sul do Brasil, durante o Estágio de Docência. Caracterizado como descritivo exploratório de cunho qualitativo, participaram 93 pós-graduandos vinculados aos Programas de Pós-Graduação da área da Educação Física que responderam um Questionário sobre a formação didático-pedagógica na Pós-Graduação, composto por perguntas abertas e fechadas, construído e validado para o estudo. Os dados foram analisados mediante a Análise temática, na qual foram elencados, cinco temas de análise: questões didático-pedagógicas, questões estruturais, questões pessoais, questões situacionais, tempo para tarefas do Estágio de Docência. Os resultados evidenciaram maiores dificuldades relacionadas a questões didático-pedagógicas, como transmissão e domínio de conteúdo, gestão do tempo e desinteresse dos alunos. As questões pessoais apresentam-se como a segunda maior dificuldade manifestada pelos pós-graduandos, com destaque para a insegurança durante o Estágio de Docência e para as dificuldades nas relações professor/aluno. Com relação ao tempo para as tarefas do Estágio de Docência, conciliar as demandas pessoais com as tarefas e a dificuldade de manter essas tarefas em dia se destacam. Já as questões situacionais e estruturais foram as menos manifestadas pelos pós-graduandos. Conclui-se que, dentre as dificuldades, as didático-pedagógica se fazem mais presentes, principalmente em estudantes que não tem experiência docente na Educação Superior.