Nos dias de hoje o professor de química enfrenta uma difícil realidade que é ensinar tal disciplina. Para tentar mudar essa realidade, a teoria e a prática precisam ser trabalhadas juntas, de modo que uma possa complementar a outra. Utilizou-se neste trabalho duas metodologias, a confecção de moléculas e o software PhET Simulations, para estudar os motivos ou causas pelas quais os temas geometria molecular e polaridade das moléculas não são absorvidos e compreendidos de forma adequada e eficiente pelos alunos do primeiro ano da escola Estadual Centro de Ensino Prefeito Dionilo Gonçalves Costa. Concluindo-se por esta pesquisa que o método tradicional de dar aulas não é o mais adequado para o ensino dos conteúdos geometria molecular e polaridade das moléculas, ou seja, os alunos podem compreender muito mais com o método diferenciado de ensino. Conclui-se que para melhorar o desempenho dos alunos na disciplina de química, os docentes devem buscar novos recursos, além dos que já estão acostumados, sendo necessário adotar o uso de aulas práticas com intuito de contribuir para a educação de química. Ficou evidenciado através dos dados obtidos que é necessário que os professores de química diversifiquem seus métodos para melhorar a compreensão dos conteúdos estudados. Boas alternativas a aula tradicional são os métodos práticos como a confecção de moléculas com materiais de fácil acesso e o uso do software PhET Simulations, pois este trabalho revela que as metodologias citadas possuem grandes potenciais, que podem ser explorados pelos docentes.