O conhecimento sobre embriologia é essencial para compreender o desenvolvimento humano e animal, e para alunos do ensino médio socialmente relevante devido sua relação com o tema gravidez e má formação embrionária. Tendo em vista a complexidade do conteúdo, surge a necessidade da utilização de aulas diferenciadas, que fujam da mera memorização e as metodologias ativas, assumem um papel ativo na construção do conhecimento, sendo o professor um importante mediador do processo. Dentre as Metodologias Ativas, temos a Peer Instruction ou Instrução por Pares (IpP), que será o foco desta pesquisa. O objetivo foi utilizar a metodologia IpP para o ensino do conteúdo de embriologia e incentivar a participação ativa dos alunos na construção do conhecimento. Para tanto, foi realizada uma proposta de intervenção pedagógica em aulas de Biologia para vinte dois alunos do ensino médio de uma escola pública de Mossoró/RN, utilizando o método de IpP. A aula partiu da questão norteadora: "Como uma única célula fertilizada se transforma em um organismo complexo, com diversos órgãos e sistemas funcionando de forma integrada?" e o feedback final do conteúdo e eficiência da metodologia, foi utilizado um desafio de perguntas e respostas com os estudantes. Como resultados, observou-se que as discussões entre os pares eram frutíferas e que os alunos demonstraram estar muito motivados com a nova metodologia e constatou-se que a metodologia possibilitou aos alunos se conectarem mais intensamente com a situação de aprendizagem, discutindo ideias e conceitos e desenvolvendo questões de forma lógica em um menor espaço de tempo. Concluiu-se que o IpP foi um método adequado para o ensino de embriologia. Este estudo permitiu aos alunos a aprendizagem colaborativa e o aumento da motivação dos mesmos.