O crime ambiental decorrente do rompimento da barragem de Fundão, da mineradora Samarco, em Mariana (MG), foi o maior desastre socioambiental do país no setor de mineração. Entre os muitos municípios atingidos está a cidade de Aracruz (ES), na qual a lama afetou aldeias indígenas, trazendo prejuízos em diversos aspectos, tais como culturais, territoriais e tradicionais dessas comunidades, que tem no rio, uma fonte histórica de significados e conceitos. Nesse sentido, este trabalho buscou identificar e descrever as potencialidades pedagógicas do Rio Comboios para o ensino de ciências na comunidade escolar indígena da EMEFI “Dorvelina Coutinho”, na perspectiva da interdisciplinaridade e da abordagem CTSA. Os estudantes afirmaram ter gostado da dinâmica desenvolvida e demostraram criticidade frente às problemáticas ambientais locais. A temática do Rio Comboios promoveu debates a partir de experiências cotidianas, articulando questões sociocientíficas com a Educação Ambiental, desenvolvida a partir do viés da Interculturalidade.