A compreensão de fenômenos macroscópicos na Química requer a visualização mental de modelos em nível molecular. Especificamente na Orgânica, a falta de habilidades visuoespaciais pode comprometer a aquisição de conhecimento conceitual científico. Este estudo teve como objetivo avaliar o ganho de conhecimento e a percepção de alunos universitários (n = 13) de um material didático autoral: um Mapa Conceitual digital aliado à Realidade Aumentada no ensino de Isomeria Espacial (estereoisomeria). Em pesquisa mista do tipo pré-pós-teste, foi possível evidenciar uma melhora no desempenho dos participantes após o estudo do material, os quais reportam uma percepção positiva sendo o material interessante, inovador e útil, pouco complexo, cansativo ou desafiador.