A disciplina de Genética é uma das subáreas da Biologia que os alunos têm mais dificuldade e, consequentemente, tem altos índices de insatisfação por não conseguirem compreender termos complexos e relacionar o conteúdo ao cotidiano. Assim, a utilização de metodologias que auxiliem esse processo de ensino e aprendizagem que relacionem a teoria e prática pode promover a atratividade e contextualização com a realidade, fazendo com que o aluno consiga aplicar estes conceitos ao seu dia. Diante disso, este estudo teve como objetivo analisar a percepção dos alunos do ensino médio sobre o conteúdo Genética e os principais desafios e dificuldades enfrentados por eles ao longo da disciplina. A pesquisa de campo, de cunho qualitativo, foi realizada com alunos do terceiro ano do ensino médio do município de Chapadinha-MA, sendo utilizado como instrumento de coleta de dado, questionários com perguntas abertas. Após a coleta dos dados, foi realizada a Análise de Conteúdo. Participaram da pesquisa 22 alunos, com idades entre 16 e 18 anos. Através das respostas dos alunos foi possível constatar que a maioria compreende alguns conceitos básicos de Genética, embora haja uma concepção equivocada de certos aspectos dessa ciência. As principais dificuldades para a aprendizagem dos conteúdos detectados foram: a memorização dos conceitos, a complexidade, o vocabulário específico e os cálculos matemáticos, evidenciando as Leis de Mendel como o assunto mais difícil. Dessa forma, evidencia-se a necessidade de melhorar muitos aspectos no ensino de Genética nas escolas estaduais de Chapadinha, tendo em vista a sua importância para o mundo moderno.