O ensino de ciências e as aulas experimentais na escola são fundamentais para promover a aprendizagem. A aproximação dos alunos com a microbiologia pode ser favorecida se trabalhada juntamente com a abordagem investigativa, gerando engajamento dos estudantes através do despertar da curiosidade e o prazer na investigação. O objetivo deste trabalho foi a analisar o ensino-aprendizagem dos alunos do 9º Ano do Ensino Fundamental II de uma escola da Rede pública de Pernambuco, através de uma abordagem investigativa por meio de aulas experimentais de ciência. Trata-se de uma pesquisa qualitativa, em que foi estudado o desenvolvimento de Sequências Didáticas Investigativas (SDI) no ensino de Ciências com ênfase no estudo das bactérias. A SDI foi elaborada segundo os pressupostos de um ensino investigativo fundamentado em três momentos pedagógicos e distribuída nas seguintes fases: 1) Problematização inicial; 2) Organização do Conhecimento e 3) Aplicação do Conhecimento. No início da sequência didática, foi aplicado um questionário de sondagem, seguida de aula expositiva e participativa. Na segunda fase os estudantes desenvolveram a experimentação com a produção do meio de cultura, coleta e semeio. E por fim os estudantes avaliaram o crescimento bacteriano, discutiram sobre saúde e foram avaliados através do questionário diagnóstico. Após análise do conteúdo, concluímos que a grande maioria dos estudantes depois de participarem da sequência didática aplicada responderam corretamente as questões, comprovando que conteúdos abordados em aulas experimentais investigativas, constituem uma importante estratégia para uma aprendizagem e internalização significativa no alunado.