Os endofíticos são definidos como micro-organismos cultiváveis ou não, que vivem no interior de plantas, localizando-se, de modo geral, nas suas partes aéreas, como caules e folhas, também podem ser encontrados em ramos e raízes, sem ocasionar, aparentemente, quaisquer danos aos seus hospedeiros. Os micro-organismos endofíticos têm sido isolados de vários órgãos de diferentes espécies de plantas e são objetos de investigação científica, devido a sua biodiversidade e ao seu potencial para produzir metabólitos bioativos que podem ter aplicação na medicina, agricultura e indústria. Muitas das espécies isoladas são reconhecidas como produtoras de metabólitos secundários com atividade biológica, os quais podem resultar em importantes e raros compostos, os quais são encontrados apenas nas plantas hospedeiras. Portanto, este trabalho teve por objetivo realizar, através de uma revisão bibliográfica, um levantamento da importância e das diversas aplicações biotecnológicas dos micro-organismos endofíticos encontrados no meio ambiente. Na agricultura, a utilização de endofíticos tem aumentado ultimamente, devido a atuarem na promoção do crescimento do vegetal e no controle biológico de pragas e doenças que acometem as plantas. Observa-se, ainda, o favorecimento do aumento da tolerância do vegetal à seca e promoção à fixação não simbiótica de nitrogênio atmosférico, apresentando-se como estratégias viáveis para os sistemas de produção agrícola ecológica e economicamente sustentáveis. Destaca-se a produção de enzimas por micro-organismos endofíticos com potencial aplicação biotecnológica em diversos campos, como no processamento de alimentos, na fabricação de detergentes, de tecidos e de produtos farmacêuticos, na terapia médica e na Biologia Molecular. Na medicina, relata-se a produção de compostos bioativos com atividade farmacológica, contribuindo para a manutenção da saúde de indivíduos e como alternativa para atuar sobre micro-organismos que desenvolveram resistência aos fármacos comumente utilizados na rotina médica. Sendo assim, os micro-organismos endofíticos, além de exercerem diversas funções nos vegetais em que habitam, facilitando a interação da planta com o meio ambiente, são considerados importantes na agricultura e na indústria, em especial na farmacêutica e de defensivos agrícolas, caracterizando-os com grande potencial para serem utilizados pela biotecnologia.