Os microrganismos, especialmente vírus, bactérias e fungos, estão diretamente relacionados a processos fundamentais, como a decomposição da matéria orgânica, a participação em ciclos biogeoquímicos e a produção de alimentos e medicamentos, sendo a base para avanços na biotecnologia, além de estarem associados a questões médicas. Estudá-los estimula o desenvolvimento do pensamento crítico, pois envolve investigação científica, análise de dados e resolução de problemas, auxiliando na formação de cidadãos mais questionadores e autônomos. Apesar da importância descrita, na educação básica (e especialmente no ensino fundamental anos finais), não temos uma abordagem satisfatória sobre microrganismos nos livros didáticos; em razão disso, os professores de Ciências não encontram de forma rápida e acessível conteúdos práticos laboratoriais, ou não, que possam ser utilizados para o enriquecimento das aulas sobre esse tema. Em virtude dessa situação apresentada, desenvolveu-se a partir de um projeto do Programa Ciência na Escola, financiado pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas – FAPEAM – com o apoio da Secretaria de Educação e Desporto Escolar do Estado do Amazonas – SEDUC –, uma apostila que contém sugestões de aulas práticas e lúdicas a serem realizadas em escolas que possuam ou não laboratório. Este manual traz uma breve revisão teórica sobre vírus, bactérias e fungos, bem como sugestões de aulas laboratoriais com uso de materiais de baixo custo, além de atividades didático - lúdicas. O material contribui, portanto, para que professores e alunos possam compreender melhor os conteúdos abordados utilizando metodologias que favoreçam o protagonismo juvenil e a alfabetização científica.