Este trabalho buscou compreender como os alunos com Transtorno do Espectro Autista, com mesmo nível de suporte, e diferentes áreas de interesse avaliam o ensino de ciências nas atividades desenvolvidas no laboratório. O campo investigativo foi uma escola pública, federal, na cidade do Rio de Janeiro. Tratou-se de um estudo qualitativo, com categoria analítica de estudo de caso e entrevistas semiestruturadas. Sob o paradigma da inclusão escolar dos estudantes com deficiência, os resultados apontaram para respostas diferentes mesmo entre pessoas com o mesmo diagnóstico e necessidade de suporte, indicando a necessidade de avaliação caso a caso das estratégias de ensino, com a participação do estudante. Os resultados demonstraram ainda que a didática do ensino de ciências assentada apenas em características clínicas é frágil, por não considerar os aspectos biopsicossociais dos sujeitos. Todavia, os conhecimentos do perfil diagnóstico se fazem necessários para o estabelecimento dos contatos iniciais e escolhas do modo como iniciar as abordagens. Claramente, os participantes apontaram a necessidade do professor como mediador das interações. Indicando que a dificuldade no estabelecimento e manutenção do contato social não oprimem o desejo pela interação com os colegas. Assim, as evidências encontradas sugerem que independentemente dos diagnósticos, os sujeitos sejam reconhecidos como protagonistas de suas aprendizagens. Ademais, que os estudantes sejam convidados a participar, juntamente com os professores, como agentes na didática do ensino, resultando em aprendizagens cooperativas.