A pandemia causada pelo vírus Sars-Cov-2, responsável pela Covid-19, trouxe consigo um grande problema: a propagação desenfreada de fake-news, que foram disseminadas com facilidade na internet devido ao negacionismo científico enraizado em parte da sociedade e disseminado com maior facilidade no meio online (OMS, 2022). Essa situação dificultou as tentativas de conscientização que visavam garantir a saúde coletiva e individual. Como resultado, superar essa prática tornou-se um desafio ainda maior em tempos de pandemia, em relação a temas importantes, a exemplo de vacinação. Este trabalho surge com o objetivo de apresentar uma possível abordagem para o ensino da temática da vacinação por meio da utilização da Sequência de Ensino Investigativo (SEI) no Ensino de Biologia. Esse trabalho é um relato de experiência, a coleta de dados ocorreu ao longo da realização de uma oficina, na qual buscamos dialogar com licenciandos do Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas para construção coletiva de uma SEI. As atividades foram divididas em quatro etapas para a construção da SEI, são elas: Introdução teórica ao Ensino por Investigação, elaboração da questão problema e contextualização, coleta e tratamento dos dados, e por fim, o registro das informações obtidas. À medida que as etapas foram sendo executadas, apresentamos trabalhos científicos produzidos por autores como Sasseron (2015), Carvalho e Scarpa (2018), conseguimos atingir de forma teórica, prática e contextualizada os participantes dessa oficina permitindo o desenvolvimento de atividades que compõe o Ensino por Investigação, bem como as etapas de uma Sequência de Ensino Investigativa. A partir dos resultados pudemos refletir sobre o processo de ensino-aprendizagem na formação inicial. A oficina foi um importante promotor na compreensão mais profunda e compartilhada sobre o Ensino por Investigação, assim permitindo uma implementação mais eficaz em sala de aula.