A problemática da construção histórica acerca da sexualidade e dos gêneros corrobora para o desencadeamento de preconceitos e estigmas. Desse modo, esse artigo fomenta discussões referentes a essa premissa, relacionando Educação Popular em Saúde com aspectos de autonomia dos usuários da Atenção Primária, em estratégias de produção de saúde, cuidado e corresponsabilização. Para evidenciar essas características, foi utilizada uma abordagem qualitativa baseada na análise de conteúdo, a fim compreender uma realidade que não pode ser quantificada. Além disso, a discussão baseou-se na tentativa de abranger os entraves presentes na atenção básica que a população LGBT pode enfrentar, na busca por estratégias que efetivem o direito ao acesso dessas pessoas ao Sistema Único de Saúde. A relação dialógica presente entre o campo da saúde e o da educação vem demonstrar como esses paradigmas podem ser superados, visto que é por meio de metodologias participativas – da educação popular em saúde – que se pode entender as realidades e como elas são percebidas. Portanto, fica evidenciado a necessidade de potencializar as construções e expressões subjetivas do referido grupo, em decorrências das barreiras, construídas historicamente, privando e excluindo toda uma população ao acesso a saúde. Não obstante, é necessário enxergar que os processos de Educação Popular em Saúde atuam com os usuários e, também, com os profissionais da Atenção Primária, pois estes necessitam de atualizações contínuas que objetivem uma melhor gestão e execução dos princípios da saúde, visto que a efetivação de direitos também passa por eles.