Nos últimos anos, a humanidade enfrentou crises sanitárias significativas, como a pandemia de COVID-19, que devido à disseminação de informações falsas sobre vacinas, suscitou inúmeras dúvidas por parte da população, potencializando o risco à saúde pública e dificultando o controle da pandemia. No Brasil, a desinformação compromete a adesão às campanhas de imunização, estas fundamentais para a promoção da saúde. Nesse contexto, a educação em saúde e a alfabetização científica tornam-se estratégias essenciais para esclarecer a população e mitigar a desinformação. Uma metodologia eficaz para promover a alfabetização científica no ambiente escolar é o Ensino por Investigação, abordagem que envolve os estudantes como agentes ativos do processo de construção do conhecimento, incentivando-os a formular questionamentos e desenvolver hipóteses, aproximando-os do pensamento científico. Essa está alinhada aos princípios da aprendizagem significativa. Nosso estudo de natureza qualitativa teve como objetivo desenvolver e aplicar uma sequência didática sobre vacinas e o sistema imunológico, implementada junto a 236 estudantes distribuídos em 10 turmas do 2º ano do Ensino Médio de uma escola estadual no município de Fortaleza-Ceará. As atividades contemplaram uma contextualização, análise dos conhecimentos prévios, problematizações que levaram à elaboração de hipóteses, levantamento de dados que resultou na elaboração de 32 mapas conceituais como forma de sistematização do conhecimento. O referencial teórico fundamentou-se em autores que estabelecem estratégias de ensino por investigação para a promoção da alfabetização científica, como Carvalho (2008), que contribuem para o processo de aprendizagem envolvendo o método científico, como Moreira e Ostermann (1993). Os resultados evidenciaram que a sequência foi uma alternativa eficaz para a discussão sobre a importância das vacinas, sensibilizando os estudantes quanto à necessidade de manter o esquema vacinal atualizado. Além disso, a metodologia adotada possibilitou desenvolvimento de estratégias de ensino inovadoras, favorecendo a aprendizagem por meio de abordagens diferenciadas em relação ao modelo tradicional expositivo
