A escola, como premissa à justiça social e promoção da cidadania, constitui-se local estratégico para o desenvolvimento de atividades que valorizam a diversidade através da discussão de gênero, sexualidade e raça. Historicamente, políticas de educação e saúde foram estruturadas sem o devido cuidado com o processo de integralização institucional, materializada em sua forma fragmentada, onde programas, benefícios e serviços se apresentam na ausência de um ordenamento institucional garantidor de uma organização nacional e capilaridade territorial. As ações do Programa Saúde na Escola nos âmbitos da prevenção, promoção e atenção integral à saúde, constitui, assim, um espaço propício para fomentar a saúde sexual saudável e sem medo, sem culpa e com segurança. Na tentativa de compreensão dos efeitos da falta de integração, este artigo busca a inserção direta na escola das temáticas circunscritas à educação que intersecciona sexualidade, gênero e raça, numa interface com a política de promoção da saúde integradas ao Projeto Político e Pedagógico participativo. Para o alcance dos objetivos propostos, optou-se por desenvolver uma pesquisa de natureza qualitativa, tendo a conversa como elemento de aproximação do objeto da pesquisa. Aproximação que permite ampliar as discussões sobre a integração entre os profissionais da saúde e educação na abordagem à sexualidade, gênero e raça no ambiente escolar. Neste sentido surgem algumas questões: Como se dá a construção do Projeto Político e Pedagógico entre as equipes de educação e saúde? Qual o nível de envolvimento da comunidade escolar no Projeto Político Pedagógico? E quais os principais desafios enfrentados, nesse momento histórico, ao debater as relações étnico-raciais? O artigo busca aproximar-se das práticas profissionais existentes no interior da intersecção entre educação e saúde a partir de uma política pública em específico que foi criada e pensada para promover a saúde e prevenir a doença em ambientes escolares, o Programa Saúde na Escola.