Este trabalho reflete sobre a articulação entre o debate interdisciplinar, as novas diretrizes curriculares propostas pela Base Nacional Comum Curricular (BNCC) e o Novo Ensino Médio, tendo como contraponto, a prática formativa desenvolvida no Subprojeto PIBID Interdisciplinar Filosofia e Sociologia da Universidade Federal de Mato Grosso, vinculado ao Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência da CAPES, Edital 2020. Partindo de Severino (2011), é discutido como o debate acerca da interdisciplinaridade, é por vezes deturpado para justificar o processo de desdisciplinarização do currículo escolar e, consequentemente, fragilizar o papel em potencial que a Filosofia e a Sociologia podem cumprir na formação da juventude, como foi possível observar na elaboração da nova BNCC e do Novo Ensino Médio. Ao mesmo tempo em que os pressupostos do que é interdisciplinariedade são colocados em disputa, é discutido como outras propostas, como a transdisciplinariedade, questionam pontos importantes da fragmentação dentro das ciências, mas colocam sob risco a autonomia entre diferentes saberes que foi tão duramente conquistada. Para fundamentar esta argumentação, é discutido o papel que estas disciplinas cumprem dentro do currículo escolar e é conceitualizada uma proposta de interdisciplinaridade crítica, compreendendo os avanços alcançados graças ao aprofundamento dentro das áreas do conhecimento e, ao mesmo tempo, refletindo sobre como e quando se deve integrar diferentes conhecimentos no contexto escolar, evitando que se recaia em abordagens pedagógicas tecnicistas. Pensando nesta perspectiva, utiliza-se como exemplo o próprio processo formativo desenvolvido no PIBID Filosifia e Sociologia, que possibilitou uma formação inicial interdisciplinar imersiva dentro das duas disciplinas, preservando as especificidades e a autonomia de ambas, enquanto também tem exercido o papel de um “laboratório” de práticas pedagógicas interdisciplinares, desenvolvendo instrumentos teórico-metodológicos que tem servido de apoio aos professores em sala de aula, neste edital e também em outras edições do programa pelo país.