O Brasil tem um dos sistemas legais de gestão das águas mais avançados do mundo, porém a carência de informações sobre indicadores ambientais relacionado aos recursos hídricos. Gerenciar os recursos hídricos é um desafio que envolve, instituições públicas, comitê da bacia, agências reguladoras e principalmente os atores locais, os indicadores ambientais são instrumentos que orienta o poder público e a sociedade, em longo prazo. Os indicadores ambientais são instrumentos de planejamento essenciais para tal modelo de gestão. Eles agregam informações de diferentes espaços urbanos e rurais e suas dinâmicas de diferentes riscos associados às atividades produtivas, funcionando como mecanismos de monitoramento e prevenção contra a degradação dos recursos hídricos. A metodologia utilizada se fundamenta em estudo bibliográfico em artigos científicos, dissertações e dos livros publicados. Apresenta-se, portanto, uma discussão teórica sobre os indicadores, envolvendo definições, tipologias e principais aplicações dos indicadores ambientais sobre recursos hídricos, seus desafios de seletividade, visando a uma de suas principais finalidades que é a tomada de decisão. Este trabalho ressalta a importância da reflexão sobre aplicação dos indicadores ambientais para gestão de recursos hídricos, o que envolve necessariamente a tomada de decisão. Os desafios para uma tomada de decisão, envolve vários fatores, principalmente o acesso a dados atualizados e confiáveis, sendo que na maioria das bacias brasileiras, a rarefeita aplicação dos instrumentos de gestão de recursos hídricos, no que concerne a composição de sistemas de informação, dificulta aplicação de indicadores aplicados.