O uso de metodologias ativas é um desafio para os educandos e igualmente para os educadores, para que exerçam uma práxis criadora, na qual seja possível, a formação de sujeitos crítico-reflexivos, corresponsáveis pela construção de seu próprio processo de aprendizagem ao longo da vida. Os portfólios reflexivos proporcionam um processo de ensino e de aprendizagem ativos, cujo enfoque metodológico se baseia na comunicação dialógica entre os diferentes sujeitos. A intenção é que os alunos desenvolvam além de conhecimentos teóricos, atitudes e habilidades. Assim, ele transforma-se em uma estratégia facilitadora da reconstrução e reelaboração do próprio conhecimento. Neste estudo, objetiva-se problematizar as implicações do uso de portfólios reflexivos no desenvolvimento da autonomia e criticidade dos alunos nas aulas de Ciências Biológicas. Tem abordagem qualitativa, sendo uma pesquisa-ação, desenvolvida em uma escola do interior do Estado do Rio Grande do Sul/Brasil, no período de novembro de 2014 a outubro de 2015. Os sujeitos de investigação foram dois professores de Ciências e duas turmas de alunos do Ensino Fundamental, sétimo e oitavo anos, dos quais, três alunos de cada turma, com interesse e disponibilidade de tempo, atuaram como bolsistas de iniciação científica júnior (BICJr) e da mesma forma que as professoras, produziram individualmente portfólios reflexivos a partir das aulas de Ciências. Os portfólios reflexivos produzidos pelas duas professoras e seis BICJr estão sendo os instrumentos de análise utilizados neste estudo. A análise destes materiais está sendo realizada à luz da Análise Textual Discursiva. Até o presente momento, foi possível constatar que os alunos demonstraram desenvolvimento do senso crítico à medida que as atividades foram ocorrendo e os portfólios sendo construídos. Os achados deste estudo evidenciam, até o momento, a contribuição do uso de portfólios reflexivos para o aprendizado e estímulo ao pensamento crítico-reflexivo dos alunos.