O ensino de biodiversidade vegetal com enfoque evolutivo é encarado com dificuldade tanto por professores em formação quanto por aqueles em exercício. O objetivo do presente trabalho foi o de avaliar um curso de formação inicial e continuada de professores sobre ensino de botânica para a educação básica utilizando como eixo estruturador o enfoque filogenético, o ensino por investigação e o pensamento em árvore. O curso de 11h trabalhou: 1) os conceitos de plantas e algas e como estes conceitos são apresentados nos livros didáticos; 2) a leitura e construção de cladogramas e 3) um exercício de botânica com enfoque filogenético destinado a alunos da educação básica. Questionários foram aplicados antes e depois do curso. As respostas fechadas foram quantificadas e as respostas abertas foram analisadas por análise de conteúdo. Participaram do curso 27 professores. No questionário prévio, observou-se que; 1) nenhum professor conseguiu definir adequadamente as plantas; 2) a concepção alternativa de que evolução significaria aumento de complexidade foi comum e 3) muitos professores apresentam dificuldades na leitura de cladogramas, entendendo erroneamente que grupos atuais poderiam ser ancestrais de outros grupos atuais (como, por exemplo, algas verdes sendo ancestrais das demais plantas verdes). Ao final do curso, as plantas passaram a ser definidas como um grupo natural que apresenta plastídeo primário como sinapomorfia e as algas foram compreendidas como um grupo não-natural. Além disso, os exercícios permitiram a compreensão dos conceitos de sinapomorfia, clado, cladograma, ancestral e grupo-irmão e os principais erros de leitura de cladogramas foram trabalhados. Discutiu-se também a diferença entre evolução e aumento de complexidade. Finalmente, o exercício voltado para estudantes da educação básica forneceu um exemplo prático de como é possível trabalhar o ensino de botânica dentro da perspectiva filogenética. O curso promoveu a alteração da concepção desatualizada de plantas e algas que os professores possuíam e permitiu a eles enxergar a possibilidade de se trabalhar a biodiversidade vegetal na educação básica dentro de um enfoque evolutivo, a partir de um exemplo prático.