Pityrocarpa moniliformis (Benth.) Luckow & R. W. Jobson é uma espécie que possui elevado potencial de desenvolvimento socioeconômico na região Nordeste do Brasil, por isso, estudos de diversidade e caracterização genética se fazem necessários para o reconhecimento das propriedades e utilidades da espécie em um cenário de superação da degradação ambiental no país. Assim, o objetivo com o presente trabalho foi selecionar iniciadores ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat) para a avaliação da diversidade genética de P. moniliformis. Para isso, amostras foliares foram coletadas, as quais tiveram seu DNA extraído e quantificado. Em seguida, testaram-se 28 iniciadores moleculares ISSR (University of British Columbia – UBC) por meio da reação em cadeia de polimerase (PCR), em que o produto da reação foi submetido à eletroforese em gel de agarose e, ao final, fotografado sob luz ultravioleta. A seleção dos iniciadores ISSR foi baseada nos aspectos de resolução e padrão de amplificação, bem como qualidade e quantidade de locos observados. Os resultados evidenciaram que houve amplificação do DNA de P. moniliformis para todos os iniciadores moleculares ISSR testados, em que a média obtida foi de seis locos por iniciador, com valores máximos e mínimos de dez e dois, respectivamente. Com base no padrão de amplificação do DNA e nitidez na observação de locos por meio da imagem de eletroforese, nove iniciadores ISSR forneceram a amplificação de 70 locos, cuja média encontrada foi de oito por iniciador. Portanto, recomenda-se o uso dos iniciadores UBC 825, 826, 827, 840, 844, 857, 859, 860 e 873 para estudos genéticos de P. moniliformis.