Os estuários são ecossistemas costeiros formados a partir do encontro água doce dos rios com a água salgada do mar e por constituírem zonas de transição são ambientes dinâmicos que apresentam uma alta diversidade. Apesar de sua importância ecológica os estuários sofrem ação das atividades antrópicas locais que afetam negativamente os ecossistemas e essas mudanças alteram o equilíbrio ecológico do ecossistema. Como forma de avaliar a qualidade ambiental dos estuários as comunidades de macroinvertebrados são frequentemente utilizadas em estudos ou programas de biomonitoramento. O objetivo deste estudo foi avaliar a saúde dos estuários tropicais utilizando os macroinvertebrados bentônicos como bioindicadores. O estudo foi realizado em dois estuários (Paraíba e Mamanguape-PB) onde cada um foi dividido em quatro zonas distintas sendo zona I montante, Zonas II e III intermediárias e zona IV jusante. Em cada zona foram definidos três pontos de coleta com três réplicas cada. Para cada ponto foram avaliadas as variáveis ambientais e biológicas. Os resultados do presente estudo mostram que houve diferenças significativas para abundância de organismos entre os dois estuários e as zonas, existindo diferenças significativas em relação as variáveis ambientais. Os parâmetros ambientais para indicação de qualidade ambiental dos estuários apresentaram maiores valores: pH (- 0,027), Clorofila (0,597), Salinidade (- 0,520) e TDS ( -0,423). Essas variáveis ambientais influenciaram na abundância das espécies. Em geral, ambos os estuários analisados apresentaram altos valores de nutrientes. Em ambos os estuários e na maioria das zonas foram encontrados uma maior abundância do gênero Laeonereis pertencente à família Nereididae, que são indicadores de ambientes impactados.