Os estuários hipersalinos são ecossistemas costeiros, estando conectados permanentemente ou periodicamente ao meio marinho e recebendo uma limitada descarga periódica de água doce. Estes ambientes apresentam alta produtividade que fornecem recursos e consequentemente a formação de nichos, tornando um ambiente favorável para a comunidade de macroinvertebrados bentônicos. Os macroinvertebrados se destacam pelo papel como bioindicadores e por realizarem ciclagem de nutrientes. Neste estudo em especial, evidencia-se o grupo dos moluscos, e por meio de analises de riqueza taxonômica e de índices de diversidade serão mensuradas a diversidade dos estuários hipersalinos Aratuá e Tubarão, localizados no estado do Rio Grande do Norte, região semiárida brasileira. As coletas foram realizadas no período de junho de 2016. Foram coletados nos dois estuários 1.690 indivíduos de moluscos distribuídos em 55 táxons. O gênero mais representativo no estuário Aratuá foi Nucula com 778 exemplares e no estuário Tubarão foi Gouldia com 77 exemplares. A análise da diversidade mostrou que, o estuário Tubarão apresentou maiores valores dos índices de diversidade de Shannon-Wiener, equitabilidade de Pielou e Margalef, quando comparado ao estuário Aratuá. Isto pode ter se dado devido que, este estuário está inserido em uma área de preservação (Reserva de Desenvolvimento Sustentável Ponta do Tubarão) e apresentar poucas ocupações humanas nas margens, isso pode ter influencia direta na diversidade deste ecossistema. Desta forma, se faz necessário o estabelecimento de políticas mais efetivas para ampliação de projetos que visem à conservação e manejo da diversidade dos ecossistemas costeiros no semiárido brasileiro.