Frente às mudanças climáticas, estudos recentes na região semiárida do Nordeste brasileiro, evidenciam que uma redução do nível de água causada por uma seca pode exercer influência na biomassa de fitoplâncton e dominância de cianobactérias em lagos rasos tropicais. O presente estudo objetivou avaliar a dinâmica do fitoplâncton em reservatórios de abastecimento público do semiárido brasileiro, durante período caracterizado por estiagem prolongada. Os resultados evidenciaram que os ambientes apresentaram decréscimo do volume acumulado, em virtude da irregularidade e/ou ausência de precipitação, embora a região seja caracterizada por altos índices pluviométricos. Houve dominância das cianobactérias dentre elas Aphanocapsa elasshia, Cylindrospermopsis raciborskii e Planktothrix agardii, fato associado a versatilidade fisiológica e ampla tolerância ecológica desses organismos o que contribui a ocupação em diferentes ambientes aquáticos. As espécies identificadas apresentam potencial toxigênico, oferecendo riscos à saúde da população, principalmente, quando estes consomem água sem tratamento prévio.