Este trabalho endossa uma discussão acerca das contribuições que a formação docente oferece à inovação pedagógica no ensino médio, tomando como eixos de estudo o diálogo inter e transdisciplinar nas atividades de pesquisa e iniciação científica. Esta análise é conduzida com base nas abordagens de vários pesquisadores e especialistas na área, além de enquetes aplicadas a professores de ensino médio participantes do XXI EPENN realizado no ano de 2013 em Recife-PE. Os resultados das enquetes evidenciam que ainda há muito a se fazer para que a formação docente se aproxime das necessidades formativas dos professores, no sentido de planejar na perspectiva da inovação pedagógica. Foi possível identificar também, que há dificuldades para o professor planejar praticas inovadoras à luz dos fundamentos da inter e transdisciplinaridade através de atividades de pesquisa e iniciação científica, sendo a formação docente considerada um mecanismo que, por sua própria natureza, pode viabilizar a melhoria da prática pedagógica desses professores, dada a relevância desta, para o seu desenvolvimento profissional.