O conhecimento sobre a sexualidade humana é de fundamental importância na formação do indivíduo, principalmente durante a idade escolar e adolescência, daí a relevância da educação sexual intencional e contínua na escola. O objetivo deste estudo foi investigar as abordagens sobre sexualidade, gênero e educação sexual nos trabalhos científicos apresentados nos Encontros Nacionais de Pesquisa e Educação em Ciências de 2009, 2011 e 2013. O levantamento dos trabalhos com foco no cenário brasileiro ocorreu com o auxílio da ferramenta de buscar nas atas dos eventos (páginas da internet), utilizando as palavras-chave: sexualidade, sexual, orientação sexual, educação sexual e gênero. Foram encontrados e analisados 46 trabalhos que, com base no conteúdo e temática, foram classificados em três categorias: I – não associados diretamente à educação e/ou ensino (cinco artigos); II – associados à educação e/ou ensino, sem intervenção na sala de aula (28 artigos) e III – associados à educação e/ou ensino com intervenção na sala de aula (13 artigos), sendo esta última, o foco principal desse estudo. Pelas análises realizadas nos trabalhos com intervenção nas escolas, a educação sexual tem se ocupado da transmissão-recepção dos conteúdos sobre a reprodução humana com fins a prevenção da gravidez e doenças sexualmente transmissíveis, com algumas exceções, por meio de modalidades didáticas diversas. Foram poucas as pesquisas que visam promover uma educação sexual crítica, com abordagem de temas para além dos conteúdos biológicos do corpo reprodutivo, nas escolas de Educação Básica.