Os estudos de levantamento taxonômico do fitoplâncton e estrutura da comunidade em lagoas de estabilização são necessários para subsidiar ações efetivas de controle operacional e de disposição nos corpos receptores. O trabalho buscou identificar as espécies de fitoplâncton e suas respectivas atuações e influências na remoção de nutrientes, ao longo de lagoas de polimento de fluxo contínuo e em bateladas. O sistema experimental foi monitorado nas dependências físicas da Estação Experimental de Tratamentos Biológicos de Esgotos Sanitários (EXTRABES) da Universidade Estadual da Paraíba, situada na cidade de Campina Grande – PB, Brasil. Observadas as características do esgoto bruto, UASB, e efluente das lagoas de polimento, foi verificado a eficiência de remoção e influência das algas em relação ao pH, fósforo, amônia e nitrogênio. Foram identificados 18 táxons, entre gêneros e espécies: Cyanophyceae (6 táxons), Chlorophyceae (5 táxons), Bacillariophycea (3 táxons), Euglenophycea (2 táxons) e Zygnemaphyceae (2 táxons). Sendo perceptível a redução da diversidade de organismos planctônicos e empobrecimento da diversidade na medida em que o processo de tratamento avançou. Apenas dois gêneros dessas classes estiveram presentes em todos os pontos amostrados: Chlorella sp. e Planktothrix agardhii, espécies estas dominantes e extremamente resistentes a esse tipo de ambientes.