O tema saúde no Brasil constitui-se em um dos tópicos geradores de intensos debates quando se trata de promoção e prevenção sobretudo quanto à organização das políticas públicas para esta área. Nesta perspectiva, este artigo foi realizado com o objetivo de identificar como se dá a relação entre a Educação Popular em Saúde (EPS) e o Programa Saúde na Escola (PSE), destacando suas semelhanças e desafios. Trata-se de uma pesquisa teórica de caráter bibliográfico e documental que considera as ideias de diversos autores acerca destas duas políticas públicas. Através da leitura dos marcos legais e institucionais que criaram a Educação Popular em Saúde e o Programa Saúde na Escola, percebe-se que em seus bojos gerais pode-se identificar algumas palavras ou termos que além de apresentarem-se com o mesmo significado, deram origem à legalização dessas políticas, apresentando-se basicamente dentro de um mesmo contexto. Elas têm como eixo norteador o compartilhamento de diferentes pontos de vista e formas de resolver problemas através do diálogo guiado por reivindicações de validade, com o intuito de promover um Sistema de Saúde cada vez mais humanizado e identificado culturalmente com a população que o constrói e o acessa cotidianamente, contribuindo para o fortalecimento da democracia participativa. São políticas cujas metodologias são utilizadas de forma que haja interação entre os atores para que fiquem em contato permanente com as famílias desenvolvendo ações educativas voltadas à promoção da saúde e a prevenção das doenças a partir do cuidado consigo e com o outro por meio de uma aprendizagem significativa.