O presente ensaio trás uma revisão bibliográfica e as discussões preliminares acerca do pensamento complexo e as interseccionalidades da transdisciplinaridade. A discussão transcorre a partir da descrição da crise de paradigmas das ciências modernas e a necessidade de construção de uma concepção de Ciência Crítico-Propositiva fundada na perspectiva epistemológica da pós-modernidade crítica (MCLAREN, 1997). A partir do diálogo com autores da teoria da complexidade (MORIN, 2005, 2001, 2000a, 2000b, 1999) e da transdisciplinaridade (SANTOS, 2009) debatemos os rumos das implicações de se fazer ciência e produzir conhecimento.