A iniciação científica ainda na educação básica, tem se mostrado uma valiosa forma de apresentar aos estudantes a importância da pesquisa científica para a humanidade. Além disso, pode proporcioná-los, a reflexão sobre os problemas que os cercam, bem como suas possíveis soluções. Entretanto, trilhar este caminho não é muito fácil. Assim, no intuito de aproximar a pesquisa científica dos estudantes do ensino fundamental das escolas públicas do Estado de Pernambuco, surge em meados de 2016 e destinados aos alunos do 9º ano, o Trabalho de Conclusão do Fundamental – TCF. Este trabalho teve como objetivo analisar os desafios enfrentados pelos estudantes do 9º ano para a construção do TCF. Por ser uma pesquisa de cunho qualitativo, optamos por aplicar um questionário a 19 estudantes do 9º ano de uma escola pública estadual que realizam seu TCF. Nossos resultados apontaram que os estudantes sentiram muita dificuldade na compreensão do que é de como fazer uma pesquisa científica, mas nada a escrita do texto científico, foi apontada pelos estudantes como o maior desafio. A maioria deles viram na construção do seu TCF, uma forma de “treinamento” para quando estiverem na universidade, não sentirem tanta dificuldade em construir sua monografia ou algo similar. Com esta pesquisa podemos concluir que a iniciação científica ainda no âmbito do ensino fundamental, sem dúvidas podem promover a construção do um cidadão critico, mas antes precisa mitigar os problemas que temos no tocante à construção deste.