A demanda por fibras de algodão colorido tem crescido em nível internacional, motivada especialmente pelo apelo ecológico que o manejo proporciona, além da geração de emprego e renda. No entanto, o aumento na incidência de radiação ultravioleta-B (UVB) promove diversas respostas mediadas por processos fotomorfogenéticos nas plantas. Contudo, as plantas respondem a radiação UVB por meio de adaptações morfológicas e fisiológicas, mas os mecanismos celulares e moleculares que controlam essas adaptações são pouco conhecidos. Objetivou-se com este trabalho identificar proteínas produzidas diferencialmente em folhas de duas cultivares de algodão colorido submetidas à radiação UVB. Plantas com 60 dias após a germinação foram submetidas aos seguintes tratamentos: I- BRS Rubi com UV ambiente; II- BRS Rubi com UV ambiente + UVB adicional; III- BRS Verde com UV ambiente; IV- BRS Verde com UV ambiente + UVB adicional. Após seis dias, folhas foram coletadas e maceradas em N2 líquido. A extração de proteínas totais foi realizada utilizando o método com TCA 10% e fenol modificado. As amostras foram quantificadas pelo método de Bradford e separadas em gel SDS-PAGE (12%). As bandas foram excisadas, submetidas à digestão com tripsina e em seguida analisadas em espectrômetro de massas. Foram identificadas proteínas envolvidas no metabolismo de carboidratos e de proteínas, ou relacionadas com o crescimento, defesa e proteção contra fatores de estresse oxidativo. Os resultados obtidos poderão ser úteis como biomarcadores funcionais auxiliares na seleção de variedades com maior tolerância à radiação UVB, contribuindo com o programa de melhoramento genético do algodoeiro.