O ensino de Microbiologia passa por constantes problemas quanto à forma como os professores de Ciências e Biologia ministram este conteúdo na educação básica, na qual, muitas vezes, a ausência de aplicabilidade do assunto acaba sendo determinante para que os alunos não aprendam significativamente. Neste sentido, objetivou-se avaliar as concepções dos alunos de segundo ano do ensino médio sobre Bactérias. O presente trabalho foi realizado pela equipe do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência (PIBID) subprojeto Biologia, na Escola Estadual de Ensino Fundamental e Médio José Luiz Neto (E.E.E.F.M.J.L.N.), localizada no município de Barra de Santa Rosa, Paraíba, onde aplicou-se um questionário estruturado em quatro turmas do segundo ano do ensino médio. Em cada turma, foram escolhidos aleatoriamente 10 alunos para responder o referido questionário, totalizando 40 discentes. As respostas foram analisadas qualitativamente, levando em consideração todos os aspectos ligados com o conhecimento prévio dos estudantes a respeito do tema. Durante a análise dos resultados, foi possível analisar os conhecimentos prévios referente as bactérias, pois sabe-se que, na maioria das vezes, essas informações são utilizadas de forma errônea, comprometendo o aprendizado dos mesmos. Desta forma, percebeu-se que algumas das respostas atribuídas pelos estudantes foram consideradas vagas, com frases fragmentadas. É necessário que haja uma discussão sobre quais alternativas didáticas seriam necessárias para ajudar os discentes na compreensão desse conteúdo. Portanto, é importante que sejam realizadas mais pesquisas acerca da temática em enfoque, para que proporcione uma melhor compreensão e debates sobre a prática docente no âmbito escolar, as quais influenciam de forma significativa no processo do ensino e aprendizagem.