A Hepatite C é uma doença de caráter agudo ou crônico e que acomete globalmente 71 milhões de pessoas. Por ser assintomática na forma crônica, muitos indivíduos só são diagnosticados em estágios avançados da doença, o que demanda o desenvolvimento de kits para diagnóstico simples, portáteis e de baixo custo. A produção de proteínas recombinantes em planta surge como alternativa aos métodos tradicionais para a produção simples, segura e de baixo custo de proteínas candidatas vacinais assim como de aplicação em testes de imunodiagnóstico. Dentro desse sistema de produção, diferentes estratégias tem sido empregadas como forma de melhorar o rendimento e a estabilidade das proteínas produzidas, como o direcionamento celular da proteína de interesse a organelas específicas. O presente trabalho apresentou como objetivo portanto, a clonagem molecular do gene codificante para a proteína do Core do HCV em vetores binários com direcionamento para diferentes compartimentos da célula vegetal. Para tanto a sequencia codificante para o gene do Core foi recombinada em plasmídeos de direcionamento ao retículo endoplasmático; vacúolo; apoplasto; cloroplasto e citosol. O produto da recombinação foi então transformado em células de Escherichia coli competentes para posterior confirmação por PCR. O resultados mostraram que a clonagem foi bem sucedida, o que tornará possível expressar tais plasmídeos e verificar se existem diferenças quanto a quantidade e/ou qualidade da proteína produzida, viabilizando o uso destas para o desenvolvimento de kits de diagnóstico ou o seu uso como candidatas vacinais.